Митхун Чакраборти родился 16 июня 1950 года (по другим источникам 16 июня 1947 года) в Калькутте (ныне Кольката) Западная Бенгалия в семье служащего телефонной компании.
Позднее у него появились три младших сестры, двое из которых вышли замуж, а одна стала святым человеком — отшельницей, живущей в храме, в Гималаях.
В детстве проходил обучение в Шотландском Церковном колледже, расположенном в Калькутте.
В конце 60–х годов Митхун примкнул к левоэкстремистскому молодежному движению наксалитов, которые подняли вооруженный мятеж. Мятеж наксалитов был безжалостно подавлен властями. Многие соратники Митхуна были казнены или на долгие годы оказались за решеткой.
Отец, чтобы спасти сына от преследования суда, отправил в 1971 году юношу в Бомбей (ныне Мумбай) к дяде. Сам Митхун не очень любит вспоминать о тех днях.
Еще в школьные годы Митхун принимал участие в любительских театральных представлениях и начал мечтать о карьере артиста кино, и теперь, поселившись в столице индийского кинематографа — Болливуде, как полушутя, с любовью обычно называют его сами индийцы по аналогии с заморским Голливудом, он немного приблизился к осуществлению своей мечты.